В настоящем, 100 лет спустя, потерявший память Линк пробуждается от глубокого сна, услышав таинственный женский голос, который ведет его к ныне разрушенному королевству Хайрул. Он встречает мудреца и узнает, что Каламити Ганон был запечатан в замке Хайрул на сто лет. Несмотря на то, что он оказался в ловушке, Каламити Ганон продолжает набирать силу, и Линк должен победить его, прежде чем он освободится и разрушит мир.