Действия игры разворачиваются среди локаций вымышленного парящего в небе мира под названием Кокон, правительство которого, Санктум, высылает вниз своих граждан, заподозренных в связи с Пульсом, большим пугающим миром ниже. Женщина-солдат под кодовым именем Молния бросает властям вызов и сражается с ними, чтобы спасти свою сестру, избранную богами Пульса и ставшую врагом Кокона. Вскоре к ней присоединяются другие персонажи, и все они становятся такими же избранными для выполнения некой неизвестной цели.